Organizační struktura Asociace je dvoustupňová:
Asociace rodičů a přátel zdravotně postižených dětí v ČR, z.s. – hlavní spolek
– Valná hromada – nejvyšší orgán
– Republikový výbor – statutární orgán – jeho jménem jedná předseda nebo ředitel, případně další pověřený člen
– Republiková kontrolní komise – kontrolní orgán
Klub Asociace rodičů a přátel zdravotně postižených dětí v ČR, z.s. – pobočný spolek
– Členská schůze – nejvyšší orgán
– Výbor klubu – statutární orgán – jeho jménem jedná předseda, místopředseda nebo jiný pověřený člen
– Kontrolní komise – kontrolní orgán